В последнее время в мире шиноби мирно, тихо и спокойно. Но хорошее ли это спокойствие? Скорее всего, нет, ведь обычно это называют «затишьем перед бурей»

Наруто заканчивает тренировки с ниндзя Дзирайей и прибывает в деревню "Скрытой  Листвы", чтобы воссоединить команду со своими друзьями. Все его соратники, с нетерпение ждут его возвращения, всем интересно изменился ли тот сорванец, кричавший, что он станет Хокаге, стал ли он сильнее, как и хотел?

Теперь команда будет состоять из Наруто, Сакуры и молодого ниндзя Сая, а также находится под руководством Хатаке Какаши. Важным противником для них становится организация Акацуки, которая хотела завладеть всеми хвостатыми демонами, в том числе заточённым в теле Наруто.

Одновременно с этими событиями, Саске Учиха обучился у Орочимару. Вскоре после получения максимальных знаний от Орочимару, Саске предаёт его и направляется на поиски Итачи, своего брата, чтобы отомстить ему. Позже, узнав от лидера Акацуки, что уничтожение клана Учиха было поручено руководствующими силами Скрытой Листвы, Саске вместе с Акацуки направляются уничтожить деревню.
Мадара Учиха отдаёт распоряжение атаковать деревню, и члены Акацуки начинают сражение. Путём огромных усилий, Коноха отбивает нападение, но с большими потерями. Позже собирается совет лидеров крупнейших селений ниндзя, называемый «Советом Пяти Каге», на котором Мадара объявляет, что хочет собрать всех хвостатых демонов и управлять человечеством, призвав десятихвостого. В свою очередь остальные лидеры селений отвергают такое решение, что провоцирует Четвёртую войну ниндзя.